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Du fait de sa particularité topographique, la région de l’Extrême-Nord du Cameroun subit les effets des dérèglements climatiques actuels, marqués par des fortes chaleurs et des inondations récurrentes. Cette situation a des répercussions négatives sur la vie socioéconomique en général et sur le programme scolaire en particulier. Ce travail de recherche vise à analyser les relations qui existent entre la variabilité climatique, la topographie et l’exécution du programme scolaire dans le Logone-et-Chari. La méthodologie adoptée a consisté en la lecture de la documentation existante sur la question, en des observations de terrain, en des entretiens exploratoires et en des enquêtes par questionnaires. Les entretiens exploratoires ont concerné 10 chefs d’établissements scolaires et 05 inspecteurs pédagogiques. Les enquêtes par questionnaires sont menées auprès de 80 enseignants, 72 élèves des établissements secondaires et 40 élèves du cycle primaire qui ont 15 ans révolus. Les résultats montrent que les inondations récurrentes dans le Logone-et-Chari à l'Extrême-Nord ont entraîné la fermeture momentanée de 10 établissements secondaires et la délocalisation de 12 écoles primaires au cours des cinq (05) dernières années. En conséquence, il y a eu plus de 500 élèves qui sont atteints par le phénomène de baisse de niveau dû à la non-exécution du programme scolaire, tandis que 380 autres abandonnent annuellement les bancs d’école. Le gouvernement, les ONG et toutes les autres bonnes volontés sont interpelés. Mots clés : tendance climatique, inondations, système éducatif, plaine du Logone, Extrême-Nord du Cameroun